AIR-Anwendungen werden mit denselben Sicherheitseinschränkungen wie native Anwendungen ausgeführt. Im Allgemeinen haben AIR-Anwendungen genau wie native Anwendungen umfassenden Zugriff auf Betriebssystemfunktionen wie Lesen von Dateien, Schreiben in Dateien, Starten von Anwendungen, Zeichnen auf dem Bildschirm und Kommunikation mit dem Netzwerk. Betriebssystemeinschränkungen, die für native Anwendungen gelten, zum Beispiel benutzerspezifische Berechtigungen, gelten gleichermaßen für AIR-Anwendungen.
Das Adobe® AIR®-Sicherheitsmodell ist zwar eine Weiterentwicklung des Adobe® Flash® Player-Sicherheitsmodells, der Sicherheitsvertrag unterscheidet sich jedoch von dem Sicherheitsvertrag, der für Inhalte in einem Browser gilt. Dieser Vertrag bietet Entwicklern ein sicheres Mittel umfangreicherer Funktionen mit Freiheiten, die für browserbasierte Anwendungen nicht geeignet sind.
AIR-Anwendungen werden entweder mit kompiliertem Bytecode (SWF-Inhalt) oder mit interpretiertem Skript (JavaScript, HTML) geschrieben, sodass die Laufzeitumgebung die Speicherverwaltung übernimmt. Auf diese Weise wird das Risiko verringert, dass AIR-Anwendungen durch Pufferüberlauf, Speicherbeschädigung und andere Sicherheitslücken, die mit der Speicherverwaltung zu tun haben, beeinträchtigt werden. Diese gehören zu den häufigsten Sicherheitsrisiken, die in nativem Code geschriebene Desktopanwendungen betreffen.