Många programinställningar lagras i filen Adobe Photoshop CS3 Inst, t.ex. allmänna visningsalternativ, fillagringsalternativ, prestandaalternativ, verktygsalternativ, genomskinlighetsalternativ, teckensnittsalternativ och alternativ för plug-ins och det virtuella minnet. De flesta av dessa alternativ anges i dialogrutan Inställningar. Inställningarna sparas varje gång du avslutar programmet.

Om programmet börjar uppträda konstigt kan det bero på att någon inställning har skadats. Om du misstänker att inställningarna har skadats återställer du dem till standardvärdena.