Warstwy stanowią jakby ułożone kolejno, przezroczyste szyby, na których można malować obrazy. Przez przezroczyste obszary warstw można spoglądać na warstwy położone niżej. Każdą warstwę można przetwarzać niezależnie, eksperymentując w celu uzyskania pożądanego efektu. Każda warstwa jest niezależna do momentu połączenia (scalenia) warstw. Warstwa znajdująca się na samym spodzie na palecie Warstwy — warstwa tła — jest zawsze zablokowana (chroniona), co oznacza, że nie można zmieniać jej kolejności stosu, trybu mieszania ani krycia (chyba że zostanie przekonwertowana na zwykłą warstwę).

Przezroczyste obszary warstwy odsłaniają warstwy położone poniżej.

Warstwy są uporządkowane na palecie Warstwy. Dobrze jest pozostawić tę paletę widoczną podczas pracy w programie Photoshop Elements. Wystarczy wtedy jeden rzut oka, aby dowiedzieć się, która warstwa jest aktywna (warstwa wybrana podlegająca edycji). Użyteczna w zarządzaniu warstwami jest możliwość ich łączenia, tak aby były przenoszone jako całość. Duża liczba warstw w obrazie zwiększa rozmiar pliku, czemu można zaradzić, scalając warstwy, których edycja dobiegła końca. Paleta Warstwy jest ważnym źródłem informacji podczas edytowania zdjęć. Do pracy z warstwami można też używać menu Warstwa.

Zwykłe warstwy są oparte na pikselach, czyli są warstwami obrazu. Istnieje kilka innych typów warstw, których można używać w celu utworzenia efektów specjalnych:

Warstwy wypełnienia

Zawierają gradient koloru, kolor kryjący lub wzorek.

Warstwy dopasowania

Umożliwiają dokładne dostosowywanie kolorów, jasności i nasycenia bez wprowadzania trwałych zmian w obrazie (do momentu spłaszczenia, czyli zwinięcia warstwy dopasowania).

Warstwy tekstowe i warstwy kształtu

Umożliwiają tworzenie tekstów i kształtów wektorowych.

Na warstwie dopasowania nie można malować, ale można malować na jej masce. Aby malować na warstwach wypełnienia lub warstwach tekstowych, należy je najpierw przekonwertować na zwykłe warstwy obrazu.