トランスコーディングとは、Encore が DVD または Blu-ray ディスクに対応していないビデオおよびオーディオアセットファイルを、ディスクに書き込むことができる対応要素に変換するプロセスです （既に対応するファイルであれば、トランスコーディングは不要です）。 Encore のトランスコーディング機能は非常に柔軟であり、様々なユーザに対応できます。 トランスコーディングに慣れていない初心者のユーザは、このプロセスをアプリケーションに管理させることができます。一方、経験のあるユーザはプロセスをより正確に制御することができます。 トランスコーディングをユーザ指定で制御する場合、Encore の DVD 対応および Blu-ray ディスク対応トランスコードプリセットを使用します。このトランスコードプリセットは、品質と保存領域の要件に合わせてカスタマイズされています。 独自のトランスコードプリセットを作成することもできます。

トランスコードされていない元のファイルを制作プロセス中はそのまま使用することもできます。この場合は、最終的なプロジェクトのビルド時に Encore によって必要なトランスコーディングが実行されます。 トランスコーディングをより詳細に制御したい場合は、項目ごとにいつでもトランコードできます。 トランスコード済みのファイルを利用する場合、Encore はそのファイルを使用してアセットの作成、プレビューおよびビルドを行います。トランスコード済みのファイルが利用できない場合は、元のファイルを使用してアセットの作成とプレビューを行い、ビルド時に必要に応じてトランスコーディングを実行します。