Adobe® Premiere® Pro では、フィルムやビデオのキャプチャ、読み込み、編集を行います。After Effects では、フィルム、放送、DVD および Web 用の動画やビジュアルエフェクトを作成します。After Effects と Adobe Premiere Pro 間で、プロジェクト、コンポジション、トラックおよびレイヤーを簡単に交換できます。Adobe Premiere Pro プロジェクトを After Effects に読み込んだり、After Effects プロジェクトを Adobe Premiere Pro プロジェクトとして書き出したりできます。Adobe Premiere 6.0 および 6.5 のプロジェクトも After Effects に読み込めます。

After Effects と Adobe Premiere Pro 間でレイヤーやトラックをコピー＆ペーストすることができます。Adobe® Creative Suite® 3 Production Premium では、Adobe Dynamic Link を使用して、After Effects コンポジションをレンダリングせずに Adobe Premiere Pro や Adobe Encore に書き出したり、After Effects 内から Adobe Premiere Pro を起動して、After Effects で使用するフッテージをキャプチャしたりすることもできます。