コンポジションのフレームレートは、1 秒間に表示されるフレーム数を示します。また、タイムスケールと時間表示内で、時間をフレームに分割する方法を示します。一般に、コンポジションフレームレートは現在の作業が対象とする出力の種類によって決まります。NTSC ビデオのフレームレートは 29.97 フレーム/秒（fps）、PAL ビデオのフレームレートは 25 fps、映画のフレームレートは 24 fps です。DVD ビデオの場合、放送システムに応じて、NTSC ビデオや PAL ビデオと同じフレームレート、または 23.976 フレームレートに設定できます。 一般に、CD-ROM または Web 用のアニメーションやビデオのフレームレートは、10 ～ 15 fps です。

最終出力にムービーをレンダリングする場合は、コンポジションフレームレートを使用するか、別のフレームレートを使用するか選択することができます。同じコンポジションでマルチメディア用の出力を作成する際に使うと便利です。

コンポジション内の各モーションフッテージにもフレームレートを設定できます。フッテージアイテムとコンポジションの両フレームレートの関係によって、レイヤーを再生したときの滑らかさが決まります。例えば、フッテージアイテムのフレームレートが 30 fps でコンポジションのフレームレートが 30 fps の場合は、レイヤーが 1 フレーム進むごとに、フッテージアイテムの次のコンポジションフレームが表示されます。フッテージアイテムのフレームレートが 15 fps でコンポジションのフレームレートが 30 fps の場合は、フッテージアイテムのフレームレートはコンポジションの連続した 2 つのフレームとして表示されます（これは、レイヤーに時間伸縮やフレームブレンドを適用しない単純な例を想定したものです）。

最も効率的に処理するには、フレームレートをプロジェクトの最終出力のフレームレートと同じ値に設定します。最終出力と同じフレームレートにすると、After Effects では各フレームがレンダリングされ、最終出力でフレームが抜けたり重複したりすることがありません。ただし、フッテージが 30 fps で最終出力が 29.97 などのように、ソースフッテージと出力のフレームレートが少しだけ異なる場合は、フッテージのフレームレートを調整して、コンポジションのフレームレートと同じにすることができます。

フッテージのフレームレートを変更しても、元のフッテージは変わらず、After Effects で使う参照のみが変わります。フレームレートを変更すると、フレームの内部デュレーションが変更され、フレームの内容は変更されません。変更後、フッテージは異なる速度で再生されます。例えば、フレームレートを 15 fps から 30 fps に変更すると、フッテージは 2 倍の速度で再生されます。ほとんどの場合、フレームレートの調整は、フッテージフレームレートと出力フレームレート間の差が小さい場合にのみ行います。

ムービーや静止画シーケンスのフレームレートを変更できます。例えば、10 個の静止画からなるシーケンスを読み込んでフレームレートを 5 fps に指定することができます。このシーケンスでは、コンポジションで使われる際のデュレーションは 2 秒ということになります。

コンポジションのフレームレートは最終出力形式のものと一致させる必要があります。ほとんどの場合、コンポジション設定のプリセットを選択するだけです。これに対して、各フッテージアイテムのフレームレートは、元のソースフッテージのものに一致させます。