プロジェクトテンプレートを開くと、そのテンプレートに基づく、名称未設定プロジェクトが作成されます。したがって、プロジェクトに加えた変更を保存しても、テンプレートは変更されません。
多くの場合、変更するべきではないレイヤーはロックされ、変更を加えてもかまわないレイヤーはロックが解除されています。ロックされている部分をそのままにしておくことで、テンプレートを再利用でき、誤って不適切な変更を加えることを防ぐことができます。