I metodi di fusione dei livelli controllano il modo in cui ciascun livello si fonde o interagisce con i livelli sottostanti. I metodi di fusione dei livelli di After Effects (precedentemente indicati come modalità livello) sono identici a quelli di Adobe Photoshop.
La maggior parte dei metodi di fusione modifica solo i valori di colore del livello di origine, non il canale alfa. Il metodo di fusione Aggiunta alfa agisce sul canale alfa del livello di origine e i metodi di fusione di stencil e sagoma agiscono sui canali alfa dei livelli al di sotto di essi.
Non potete animare direttamente i metodi di fusione utilizzando i fotogrammi chiave. Per fare in modo che un metodo di fusione cambi in una determinata posizione temporale, dividete il livello in quella posizione temporale e applicate il nuovo metodo di fusione alla parte del livello che continua. Potete inoltre usare l'effetto Aritmetica composta, i cui risultati sono analoghi ai metodi di fusione ma possono cambiare nel tempo.
I metodi di fusione vengono applicati al livello situato sopra i livelli con cui dovrà interagire.
I metodi di fusione per più maschere su un singolo livello si chiamano modalità maschera.
Alcuni effetti includono opzioni proprie della modalità di fusione. Per maggiori dettagli, consultate le descrizioni relative ai singoli effetti.