Un progetto di After Effects è costituito da un singolo file contenente composizioni e riferimenti a tutti gli elementi di metraggio utilizzati nel progetto. Le composizioni sono raccolte di livelli. Molti livelli utilizzano elementi di metraggio come sorgente, benché taluni, come i livelli forma e testo, contengano grafica che può essere creata all'interno di After Effects. Un file di progetto ha l'estensione .aep. Il nome del progetto corrente appare nella parte superiore della finestra dell'applicazione.

Un modello di progetto è un file con estensione .aet. Potete utilizzare i numerosi modelli di progetto inclusi in After Effects, tra cui modelli per i menu dei DVD, come base per i vostri progetti e potete persino creare nuovi modelli partendo dai vostri progetti.

Per comprendere appieno il modo in cui gli utenti più esperti possono utilizzare After Effects, aprite uno dei modelli di progetto inclusi in After Effects, selezionate tutti i livelli e premete U o UU per mostrare unicamente le proprietà animate o modificate. In tal modo, vengono visualizzate le modifiche apportate da chi ha progettato il modello di progetto per crearlo. Per selezionare alcuni livelli, potrebbe essere necessario sbloccarli.