Слои позволяют упорядочить графические объекты в документе. Рисование и редактирование объектов в одном слое не влияет на объекты, находящиеся в другом слое. Сквозь участки рабочей области, где на слое ничего нет, виден нижележащий слой.

Чтобы рисовать, закрашивать или другим образом изменять слой или папку слоев, его необходимо выделить на временной шкале, сделав активным. Значок карандаша рядом со слоем или именем папки на временной шкале указывает, что этот слой или папка слоев активны. Одновременно может быть активным только один слой (хотя выделено может быть несколько слоев).

При создании документа Flash он содержит только один слой. Для упорядочивания изображений, анимации и других элементов в документе добавляются новые слои. Слои могут быть скрыты, блокированы и переупорядочены. Число создаваемых слоев ограничивается лишь памятью компьютера, и не влияет на размер публикуемого SWF-файла. Размер файла увеличивается только за счет объектов, добавляемых к слоям.

Для упорядочивания и упрощения работы со слоями создаются папки слоев. Папки слоев на временной шкале могут разворачиваться или сворачиваться, не влияя на отображение в рабочей области. Для звуковых файлов, кода ActionScript, меток кадров и комментариев к кадрам используются отдельные слои или папки. Это помогает быстро найти нужный элемент для редактирования.

Для поддержки создания сложных эффектов применяются специальные направляющие слои, которые упрощают рисование и редактирование, а также маскирующие слои.