After Effects y otros programas de Adobe con lo que se integra proporcionan diferentes modos de automatizar distintos procesos.
Se puede automatizar la animación y el procesamiento de imágenes en After Effects con expresiones, secuencias de comandos y plugins. El procesamiento se puede automatizar mediante aerender, procesamiento en red y acciones de postprocesamiento. También se pueden automatizar algunas tareas utilizando secuencias de comandos de automatización de flujo de trabajo en Adobe Bridge. Debido a que es posible intercambiar datos fácilmente entre Photoshop y After Effects, puede utilizar macros, acciones, gotas y secuencias de comandos en Photoshop para automatizar el procesamiento de imágenes para su uso en After Effects.
