En cada proyecto que cree, Adobe Premiere Pro crea un archivo de proyecto. Este archivo contiene los ajustes que seleccione para el proyecto, así como datos fundamentales acerca de los recursos, las decisiones de edición y los efectos utilizados en el proyecto.

Adobe Premiere Pro no almacena vídeo, audio ni imágenes fijas en el archivo del proyecto, sólo almacena una referencia de cada uno de estos archivos según el nombre de archivo y la ubicación a la hora en que se importó. Si posteriormente mueve, cambia el nombre o elimina un archivo de origen, Adobe Premiere Pro no podrá encontrarlo automáticamente la próxima ve que abra el proyecto. En ese caso, Adobe Premiere Pro muestra el cuadro de diálogo Dónde está el archivo.

Cada proyecto incluye un panel Proyecto. Éste actúa como área de almacenamiento para todos los archivos utilizados en el proyecto. Puede organizar los medios y las secuencias de un proyecto con las bandejas del panel Proyecto.

Un proyecto puede contener varias secuencias. En un único proyecto puede editar cada uno de los segmentos como secuencias independientes y, a continuación, combinar los segmentos y formar un programa acabado mediante su anidación en una secuencia más larga. De la misma forma, puede guardar varias versiones de una secuencia en el mismo proyecto.