Las preferencias incluyen configuración como la posición de los paneles, las opciones de medida y las de visualización para gráficos y tipografía. Las preferencias determinan el comportamiento inicial de los documentos y objetos de InDesign.

La configuración predeterminada se utiliza en cada nuevo documento u objeto que cree. Por ejemplo, puede especificar la fuente predeterminada y otras especificaciones de texto para todos los documentos o marcos de texto nuevos.

Muchas de las preferencias y configuración predeterminada del programa se almacenan en archivos de preferencias de Adobe InDesign, denominados InDesign Defaults e InDesign SavedData. Ambos archivos predeterminados se guardan cada vez que el usuario cierra InDesign.