Para que sea más fácil identificar y trabajar con máscaras, los paneles Composición y Capa rodean el trazado de una máscara con un color y el panel Línea de tiempo muestra ese mismo color junto al nombre de la máscara. De forma predeterminada, After Effects utiliza el color amarillo para todas las máscaras. Para resaltar aún más las diferencias de cada máscara, se puede cambiar manualmente su color en el panel Línea de tiempo o hacer que After Effects cambie cíclicamente los colores de la máscara.