Un proyecto de After Effects es un archivo único donde se almacenan composiciones y referencias a todos los elementos de material de archivo que se utilizan en dicho proyecto. Las composiciones son colecciones de capas. Muchas capas utilizan elementos de material de archivo como origen, aunque algunas capas (como las capas de forma y las capas de texto) contienen gráficos que se crean en After Effects. Un archivo de proyecto tiene la extensión de nombre de archivo .aep. El nombre del proyecto actual aparece en la parte superior de la ventana de la aplicación.

Un proyecto de plantilla es un archivo con la extensión de nombre de archivo .aet. Los numerosos proyectos de plantilla incluidos en After Effects (entre los que se encuentran plantillas de menú de DVD) se pueden utilizar como base para crear proyectos propios. También se pueden crear plantillas nuevas basadas en proyectos propios.

Una forma excelente de ver cómo los usuarios experimentados utilizan After Effects es abrir uno de los proyectos de plantilla incluido en After Effects, seleccionar todas sus capas y pulsar U o UU para que se muestren sólo las propiedades modificadas o animadas. De este modo se visualizan los cambios efectuados por el diseñador del proyecto de plantilla para crear la plantilla. Tal vez sea necesario desbloquear algunas capas para seleccionarlas.